Наступило время жестоких репрессий в стране. Массовые аресты начались в 1936 г. и продолжались почти два года. На физическом факультете первым был арестован В. Р. Бурсиан, занимавший в то время посты декана факультета и директора НИФИ. Через пару дней после него - профессор Соколов. Чуть позже были арестованы В.К. Фредерикс и Ю.А.Крутков. Всех арестованных приговорили осенью 1937 г. к десятилетнему заключению. Через 20 лет все обви ненные были реабилитированы. Однако Фредерикс, Бурсиан, Шубников и многие другие погибли в застенках НКВД. Арестован был и Владимир Александрович Фок, которого обвиняли в шпионаже и подготовке терактов на руководящую верхушку страны, его допрашивал сам Ежов - нарком НКВД. Лишь многочисленные ходатайства ученой общественности об освобождении (П. И. Капица, А.Ф. Иоффе и др.) помогли В.А.Фоку вскорости выйти из застенков.

Ю.А. Крутков во время заключения более 7 лет работал по специальноcти. В этот период он написал теоретическую работу по теории упругости, которая в 1949 г. была издана Академией наук в виде отдельной монографии под заглавием: "Тензор функций напряжений и общие решения в статике теории упругости". За участие в ядерном проекте во время заключения ему была присуждена Сталинская премия. В 1948 г. Ю. А. Крутков вернулся к преподаванию в ЛГУ, но проработал только 4 года. Реабилитирован посмертно в 1957 г.